Được sự quan tâm, chỉ đạo sâu sắc và ưu tiên đầu tư lâu dài của Thành ủy, Ủy ban nhân dân Thành phố, Trung tâm Công nghệ Sinh học Thành phố Hồ Chí Minh đã có đầy đủ cơ sở vật chất, hạ tầng, trang thiết bị với đội ngũ nhân lực được đào tạo và có kinh nghiệm về lưu trữ giống. Với điều kiện thuận lợi như vậy, Bộ sưu tập giống vi sinh vật được xây dựng, hoạt động và luôn phấn đấu phát triển trở thành một Trung tâm lưu trữ, trao đổi, ký gửi và thương mại hóa các chủng vi sinh vật cho khu vực phía Nam, đồng thời kết hợp với Bảo tàng Giống chuẩn Vi sinh vật Việt Nam trong công tác lưu trữ cũng như hình thành cơ sở dữ liệu về nguồn gen vi sinh vật tại Việt Nam.
Bộ sưu tập giống vi sinh vật hoạt động vì sứ mệnh:
- Góp phần tích cực vào sự phát triển trong công tác lưu trữ và hình thành cơ sở dữ liệu về nguồn gen vi sinh vật tại Việt nam;
- Phục vụ công tác nghiên cứu, phòng trừ bệnh hại, xử lý môi trường cũng như thương mại hóa các sản phẩm vi sinh vật trong lĩnh vực nông nghiệp, thủy sản, môi trường thực phẩm và dược phẩm tại khu vực phía Nam;
- Phát triển, cung cấp các dịch vụ liên quan đến các chủng vi sinh vật nhằm đáp ứng nhu cầu của các đơn vị doanh nghiệp, trường học và cá nhân quan tâm đến dịch vụ.
- Phân lập, thu thập và tuyển chọn nguồn gen vi sinh vật phục vụ trong lĩnh vực nông nghiệp, thủy sản, môi trường và thực phẩm tại khu vực phía Nam;
- Thực hiện các dịch vụ liên quan đến các chủng vi sinh vật, nhận ký gửi nhằm mục đích đăng ký, lưu trữ, trao đổi và thương mại hóa các chủng vi sinh vật;
- Thu thập, trao đổi nguồn gen các chủng vi sinh vật phục vụ sản xuất nông nghiệp, thủy sản, môi trường và thực phẩm từ các nguồn khác nhau trong và ngoài nước;
- Xây dựng cơ sở dữ liệu, tạo kênh trao đổi thông tin về các chủng vi sinh vật hiện có tại khu vực phía Nam;
- Thực hiện các dịch vụ liên quan đến các chủng vi sinh vật như định danh đến loài bằng kỹ thuật sinh học phân tử, định danh hình thái và sinh lý, sinh hóa, xác định nhanh vi sinh vật bằng kỹ thuật PCR, Realtime PCR, kỹ thuật DGGE, đông khô mẫu theo hợp đồng vv;.
- Thu thập, phân lập, sàng lọc và đa dạng hóa loài các chủng vi sinh vật ứng dụng trong sản xuất nông nghiệp, thủy sản, môi trường và thực phẩm bao gồm loài có ích và loài có hại đang gây bệnh hiện nay;
- Xây dựng phương pháp lưu trữ, bảo tồn và khai thác lợi ích của các chủng vi sinh vật trong sản xuất tạo ra các sản phẩm sinh học;
- Thương mại Bộ sưu tập giống Vi sinh vật, cung cấp và phát triển các dịch vụ liên quan đến chủng vi sinh vật nhằm phục vụ các công tác nghiên cứu và đáp ứng nhu cầu thực tiễn của khách hàng.
- Xây dựng cơ sở dữ liệu nguồn gen vi sinh vật đang lưu giữ, thu thập thông tin nguồn gen vi sinh vật đang được lưu trữ tại các đơn vị phía Nam và kết hợp với Bảo tàng Giống chuẩn Vi sinh vật Việt Nam để hình thành cơ sở dữ liệu nguồn gen vi sinh vật tại Việt Nam;
- Thành lập Bộ sưu tập giống có thẩm quyền mua bán, trao đổi chủng; hoàn thiện cơ chế ký gửi chủng và cơ chế ký gửi kèm thương mại chủng;
- Xây dựng phương pháp lưu trữ, bảo tồn và khai thác lợi ích của các chủng vi sinh vật trong nghiên cứu, sản xuất tạo ra các sản phẩm sinh học;
- Thương mại hóa các chủng tiềm năng do Bộ sưu tập giống vi sinh vật tự phân lập và thu thập cũng như các chủng ký gửi theo hợp đồng với đơn vị ký gửi;
- Tổ chức hội thảo, các khóa đào tạo ngắn hạn về lưu trữ nguồn gen vi sinh vật;
- Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Trung tâm Công nghệ Sinh học TP. Hồ Chí Minh.